Zirkonia sisältävää luonnonsilikaattia ZrSiO4 kutsutaan zirkoniksi (Zircon) tai hyasintiksi (hyasintti), joka on laajalti levinnyt luonnossa, ja siinä on erilaisia kauniita värejä oranssista punaiseen, muinaisista ajoista lähtien sitä on pidetty jalokivenä, sanotaan, että sana Zircon tulee arabian sanasta Zarqūn, joka on cinnabar, ja sen sanotaan myös tulevan persian sanasta Zargun, joka on kultaa, ja hyasintti tulee kreikan sanasta "lilja", ja Intian valtameren saarimaa Sri Lanka on runsaasti zirkonia. Jalokivet, jotka sisältävät zirkoniumia zirkonin muodossa, on tunnettu muinaisista ajoista lähtien.
Vuonna 1789 saksalainen MHKlaproth totesi, että tutkiessaan zirkonia se oli eutektinen natriumhydroksidin kanssa, jäähdytysneste liuotettiin kloorivetyhapolla, liuokseen lisättiin kaliumkarbonaattia, sakka suodatettiin ja puhdistettiin, minkä jälkeen sedimentti yhdistettiin. keitettiin rikkihapolla ja sitten piioksidi suodatettiin pois ja kalsium, magnesium, alumiinioksidi, jota ei löytynyt, saostui kaliumkarbonaatin lisäämisen jälkeen liuokseen, tämä sakka ei liuennut lipeään kuten alumiinioksidi , eikä se ollut vuorovaikutuksessa hapon, kuten magnesiumoksidin kanssa, Klaproth uskoi, että tämä sakka erosi aiemmin tunnetuista oksideista ja koostui Zirkonerdestä (zirkonium, saksa), ja pian ranskalainen kemisti de Both Morueau ja Vauquelin vahvistivat MH:n oikeellisuuden. Klaprothin analyysin mukaan elementin latinankielinen nimi on Zirconium ja symboli Zr, joka on käännetty kiinaksi zirkoniumiksi.
Vuonna 1808 brittiläinen H.Davy käytti sähkövirtaa hajottaakseen zirkoniumyhdisteitä, mutta tuloksetta, vuonna 1824 ruotsalainen JJ Berzelius käytti kaliumia K2ZrF6:n pelkistämiseen metallizirkoniumin valmistamiseksi, mutta se ei ollut tarpeeksi puhdasta, reaktiokaava oli: K2ZrF{ {5}}K=Zr + 6KF, reaktiota voidaan käyttää myös Na-pelkistysaineena, vuoteen 1914 asti kaksi tutkijaa Lely ja Ham metallivalkoisten kuumalamppujen valmistustehtaalla Alankomaissa Brugerissa. käytettiin vedetöntä zirkoniumtetrakloridia ja ylimääräistä natriummetallia tyhjään palloon, kuumennettiin sähkövirralla 500 asteeseen ja saatiin puhdasta metallista zirkoniumia.
Täysin puhdasta zirkoniumia valmistivat vasta vuonna 1925 hollantilaiset kemistit Anton Eduard van Arkel ja Jan Hendrik de Boer hajottamalla zirkoniumtetrajodidia (ZrI4). Zirkoniumia tuotetaan suuria määriä kuumentamalla zirkoniumtetrakloridia magnesiumin kanssa.